Das Kreuz
Rechts hinter dem Altar steht das wohl markanteste Ausstattungstück der Markuskirche, ein fast raumhohes Kreuz aus Walzstahl von 1979. Geschaffen hat es der bekannte Magdeburger Metallkünstler Wilfried Heider (1939-1999), selbst Gemeindemitglied. Finanziert hat es ein privater Spender. Nach Vorstellung des Künstlers sollte das Kreuz aus Metall nach den Bibelstellen Hebräer 12,22 und Offenbarung 21,2 u. 10 gestaltet werden. In diesen Versen geht es um die christliche Hoffnung und das ewige Leben. Wilfried Heider wollte ein Kreuz schaffen, das ausstrahlt und predigt. Das Kreuz ist asymmetrisch angelegt; der längere, rechte Balken weist wie mit einer ausgestreckten, nach oben geöffneten Hand auf die dahinter befindliche Lichtfalte hin und damit auch auf das Jesuswort: „Ich bin das Licht der Welt.“ (Joh. 8,12). Das Kreuz ist nicht Heiders einzige Arbeit für diese Kirche. Etwas später kamen von ihm noch die Metallarbeiten an den beiden Giebeln hinzu, der Schriftzug „Markusgemeinde“ nebst einem „Markus-Löwen“ im Norden sowie ein Kreuz über der Lichtfalte im Süden; ebenso stammen von ihm die runden Türklinken an den Eingängen sowie die Leuchten auf dem Freigelände.
Die Orgel
Die Orgel der Markuskirche steht, anders als in vielen anderen Kirchen, mitten im Kirchsaal. Sie stammt von der Merseburger Orgelbaufirma Gerhard Kühn und ist ein Geschenk von Hedwig Stein-Adler, ehemaliges Gemeindeglied und seinerzeit „im Westen“ lebende Tante einer vormaligen Organistin von „Paulus-West“, Dorothea Adler. Ursprünglich war die Orgel von der Thomas-Gemeinde in Pretzien in Auftrag gegeben worden. Allerdings drohte sie für deren Kirche zu groß zu werden. Die Markusgemeinde übernahm dann die Pläne für das Instrument, sodass der Auftrag für dessen Bau im Juli 1980 erteilt werden konnte. Der Prospektentwurf, der die asymmetrische Formgebung des Kirchsaals aufgreift, stammt im Übrigen von dem Maler und Grafiker Dietrich Fröhner (1939-1983), ebenfalls aus der eigenen Gemeinde. Allerdings zog sich der Bau der Orgel noch mehrere Jahre hin, sodass sie erst 1984 geweiht werden konnte. Das Instrument verfügt über zwei Manuale, Pedal, fünfzehn Register und 978 Pfeifen. 2006 wurde es durch die im Magdeburger Kirchspiel Stadtfeld-Diesdorf Firma Sauer Orgelbau Frankfurt/O. generalüberholt.